داستان Arkham City از جایی آغاز میشود که یک بخش عظیم از شهر گاتهام به منطقهای تحت کنترل زندانیان تبدیل شده است. دکتر هوگو استرِنج، یکی از شروران هوشمند دنیای دیسی، کنترل این ناحیه را در اختیار دارد و بتمن باید از داخل این شهر قرنطینهشده پرده از توطئهای بزرگ بردارد.